Os cursos de pós-graduação compreendem o 2º e 3º ciclos de formação e conferem aos graduado o título académico de mestrado e doutorado, conforme estatui o artigo 22 e 23 da Lei do Ensino Superior. Ao nível da Universidade Metodista Unida de Moçambique existem quatro (04) cursos de pós-graduação que conferem o grau de mestre, sendo que todos são leccionados em regime semi-presencial e à distância.